ענף ההייטק הוא ממגזרי התעסוקה המבוקשים בישראל, לפיכך הם מציב אתגרים ייחודיים בפני מחלקות השכר ומשאבי האנוש בארגון: 

• שינויים במצבת העובדים – קיימת תחלופה גבוהה של עובדים עקב ההזדמנויות העסקיות הרבות, הביקוש בענף וניעות גבוהה של העובדים.
• ניטור שעות עבודה ונסיעות –במגזר ההייטק יתכנו נסיעות עסקיות רבות, של הדרג הבכיר ונציגי השיווק, בארץ ובחו"ל. דרישות התפקיד הללו מקשות על ניטור שעות העבודה והחזרי הנסיעות ועל חישוב מרכיבי השכר לפיהם.
• עובדים חיצוניים (מיקור חוץ) – ההייטק נסמך רבות על  עובדים במיקור חוץ, עובדים זמניים פר פרויקט ויועצים חיצוניים. לפיכך, יש צורך לנהל אותם במערכת הנוכחות, ללא הוצאת תלוש שכר.
• תשלום וחישוב מס על אופציות הוניות – מקובל במגזר זה לחלק אופציות הוניות. קיימת מורכבות בחישוב התשלום לאופציות הוניות או פירותיות וכן בחישוב המס והביטוח הלאומי לאופציות אלו.